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miraoh

mira oh



2008-04-07


Association


  • Association to Gene Expression Phenotype
    • Quantitative Trait Loci (QTL) - R package http://www.rqtl.org/
      • general SNP data analysis
      • not execute gene expression data




2008-04-08

  • gene expression과 cnv window size별로 자료 구분
    • 같은 window size의 자료를 평균로 구함.


2008-04-10

  • 각 chromosome에서 공통된 window size의 자료를 가지고 R^2를 구한결과 가장 큰 값은 0.4866312
    • cnv자료의 값이 0인 경우는 simple linear regression 구할 수 없음


2008-04-11

  • cnv 자료에서 모든 표본이 '0'인 경우 삭제, gene expression 자료는 음수인 경우 '0'으로 대체해서 window size의 반복실행한 결과 max(R^2)=0.6195708
    • 두 자료의 window size별로 반복 실행되므로 39분 소요됨.


2008-04-14

  • 각 gene을 표본에 대해서 permuation하여 p값 구하기 ...
    • univariate t-test의 p값 ...
    • corrected p-value ?


2008-04-15

  • gene expression 자료를 permutation한 R^2가 원래의 R^2값보다 큰 빈도수 구하기 ...
    • 원래의 R^2 > 0.1 보다 큰 자료를 가지고 permutation...


2008-04-16

  • 원래의 R^2 > 0.1 보다 큰 자료를 가지고 permutation하면 시간이 오래걸림
    • R^2 > 0.3 과 R^2 > 0.2 인 경우 실행
    • R^2 > 0.1은 주말에 실행 예정


2008-04-17

  • GBM_SNP의 Top50인 결과, CBS 결과와 CNV+Gene 결과 비교


2008-04-18

  • GBM_SNP의 Top50인 결과, CBS 결과와 CNV+Gene 결과 비교
    • 공통적인 chromosome의 position 찾기




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last modified 2008-04-18 17:35:09
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